El primer título bajo este nuevo formato, fue obtenido por el 'Albo' en el Apertura 2000-01; de la mano de Edwin Pavón. En ese campeonato, el Olimpia obtuvo el primer lugar del torneo regular con un total de 39 puntos en 18 partidos. Esto le aseguró la final que disputó contra el Platense ganador de los juegos de post-temporada. Al final, el Olimpia se coronó campeón con figuras emblemáticas en su equipo como: Danilo Javier Tosello,Wilmer Velásquez y Alex Pineda Chacón entre otros. El siguiente título para el 'Albo' en este tipo de torneos, también se lo ganó al mismo Platense en el Apertura 2002-2003 con Juan Carlos Espinoza como entrenador.
En el 2003-2004, comenzaría una serie de 4 finales consecutivas entre el Olimpia y el C.D. Marathón. La primera fue ganada por los 'Merengues', bajo en mando del técnico Chelato Uclés con un marcador global de 2-1. El Apertura 2004-2005 fue para los 'Verdolagas'. Luego; el Clausura (2004-2005) marcaría el debut de Nahúm Espinoza como entrenador del club. De la mano de éste, el Club ganó las vueltas regulares y derrotó al Marathón en las finales por: 3-2 y 2-1.
Durante el Apertura 2005-2006, el Olimpia continuó su dominio sobre los 'Verdes' en finales al derrotarlos por marcador global de 3-2.
En el torneo Clausura 2005-2006, el Olimpia igualó una marca en Liga nacional al obtener el Tri-campeonato. Esta marca, fue hasta ese entonces; propiedad única del Real España. La coronación del tercer título consecutivo se celebró en el estadio Nacional de Tegucigalpa, al vencer por la mínima diferencia (1-0), a los 'Jaibos' del Victoria.
Luego del Tri-campeonato, pasaría un par de años del 'Viejo León' sin ver títulos. Fue hasta el Clausura 2007-2008, que el Olimpia; dirigido por Juan de Dios Castillo se ganó el derecho de disputar la final en contra del Marathón, luego de vencer en semifinales, al Club Motagua con global de 7-2.
El juego de ida de esta serie final, se llevó a cabo el 18 de mayo en el Olímpico de S.P.S. Ante 35,000 espectadores y finalizó con empate a uno. El juego de vuelta, le dio a Comayagua por primera vez en su historia, la oportunidad de organizar el partido de una final de Liga. El partido, arduamente disputado; culminó con la Copa número 21 para el 'León'.- Luego de que éste venciera al Marathón (1-0) con gol del histórico: Wilmer Velásquez.
En torneo de Clausura 2008-2009 el Olimpia conseguiría su corana número 22 de su historia luego de vencer en un vibrante partido al Real España 2-1 en tiempo extra
